主板的兼容性故障也是大家经常要遇到的问题之一，比如无法使用大容量硬盘、无法使用某些品牌的内存或RAID卡、不识别新CPU等。导致这类故障的主要原因：一是主板的自身用料和做工存在问题；二是主板BIOS存在问题，一般通过升级新版的BIOS就能够解决。
主板的稳定性故障也是比较常见的，这类故障是由于元器件功能失效、电路断路、短路引起，其故障现象稳定重复出现，而不稳定性故障往往是由于接触不良、元器件性能变差，使芯片逻辑功能处于时而正常、时而不正常的临界状态而引起。比如由于I/O插槽变形，造成显示卡与该插槽接触不良，使显示呈变化不定的错误状态。还有一个不可忽视的问题就是因为主板的过热而导致系统的运行不稳定。出现此类故障一般是由于主板Cache有问题或主板设计散热不良引起，笔者在某品牌815EP主板上就曾发现因主板散热不够好而导致该故障。在死机后触摸CPU周围主板元件，发现其温度非常高且烫手。更换大功率风扇后，死机故障得以解决。对于Cache有问题的故障，可以进入CMOS设置程序，将Cache禁止后即可顺利解决问题，当然，Cache禁止后速度那就肯定会有影响了。
另外，在主板的保养方面也不容忽视，潍坊电脑维修网提醒大家灰尘是主板最大的敌人之一，灰尘可能令主板遭受致命的打击。我们应定期打开机箱用毛刷或吸尘器除去主板上的灰尘，另外，主板上一些插卡、芯片采用插脚形式，常会因为引脚氧化而接触不良。可用橡皮擦去表面氧化层，重新插接。还有就是在突然掉电时，要马上关上计算机，以免又突然来电把主板和电源烧毁。
